Uno de los elementos "inteligentes" del sistema. Con el controlador se garantiza que las baterías reciban correctamente la carga de los módulos solares. En adición los controladores pueden administrar la energía en las cargas DC que se pueden conectar a él cuidando que las baterías sufran de descargas indebidas.

Hay de varios tipos e interfaces según la envergadura del sistema a utilizarse. Para pequeños sistemas domiciliares se pueden usar controladores PWM de interfaz sencilla y coste reducido. Para grandes proyectos que necesite aprovecharse al máximo la energía de los módulos y administrar mejor la carga de las baterías, se utilizan controladores de rastreo de máxima potencia (MPPT).